Em 2001, o Bahia foi campeão pela primeira vez da Copa do Nordeste no modo mais atual, sendo o segundo contando com o Torneio dos Campeões do Nordeste ganho em 1948.
E essa Copa foi alvo de grande mudança por parte no regulamento. Neste ano, foi fundada a Liga do Nordeste e a competição foi organizada com a CBF. Os times não se classificaram, mas sim participaram por estarem filiados a esta nova entidade.
O campeonato e sua primeira fase foi diferente, com turno único e todos se enfrentaram em busca dos quatro lugares nas semifinais do torneio. O Bahia como tinha um dos melhores elencos da região acabou sendo favorecido pelo sistema de pontos corridos. O time tinha grandes atletas como Emerson, Preto Casagrande, Luís Carlos Capixaba, Robson e Nonato.
O Bahia teve a segunda melhor campanha da primeira fase com 35 pontos ganhos, 15 vitórias, 2 empates e 2 derrotas.
Mata-mata
Na segunda fase, o Bahia passou por cima do Fortaleza nas semis por 2 a 1 e na grande final, em jogo único, não tomou conhecimento do Sport e fez 3 a 1 em Fonte Nova abarrotada. Nonato foi o grande herói da conquista.
